Канцеларија за финансијско-рачуноводствене послове се стара о правилној примјени законских прописа и нормативних аката у дјелу који се односи на финансијско-рачуноводствено пословање. Осим наведеног, канцеларија за финансијско-рачуноводствене послове саставља периодичне обрачуне и завршне рачуне, врши контролу документације по систему трезорског пословања, одговара за ажурност књижења, врши усаглашавање стања на финансијским картицама студената, припрема извјештаје о расположивим буџетским и властитиом средствима и извјештаје о оствареним властитим приходима. Канцеларија за финансијско-рачуноводствене послове се налази у приземљу зграде, у кабинету бр. 5.